enzymologia - ćwiczenie 3, enzymologia, Enzymologia - sprawozdania
[ Pobierz całość w formacie PDF ]
Politechnika Wrocławska
Wydział Chemiczny
Strona 1 z 5
Data zajęć: 2008/11/07
Sprawozdanie 3.
Enzymologia (BTC4033l)
laboratorium
mgr inż. Dominika Bystranowska
PT, 16:10-18:45, F-4/C3
Grupa IV
Anna Dawiec
Mateusz Jędrzejewski
Aleksandra Korkuś
Ćwiczenie 3.
Preparacja aldolazy z mięśni królika
według metody Taylora i wsp.
Ćwiczenie 3. Wstęp
Preparacja białek polega na izolowaniu danego białka z próbki biologicznej. Dobrze dobrana
metoda pozwala na uzyskanie „czystego” białka do dalszych badań.
Taylor i współpracownicy opracowali metodę preparacji aldolazy z mięśni królika. Jak każda
preparacja jest wieloetapowa (Rysunek 1.). Składa się zasadniczo z: dwóch wysalań (50% i 52%
wysyconym roztworem siarczanu amonu), dwóch wirowań oraz końcowej krystalizacji.
Za każdym razem osad się odrzuca. Metoda jest dość prosta i krótka, jednak mało specyficzna.
rozmrożenie
i homogenizacja
krystalizacja
i rekrystalizacje
wirowanie
wirowanie
ekstrakcja
wysalanie (50%)
supernatantu
wysalanie (52%)
supernatantu
Rysunek 1. – Etapy preparacji aldolazy metodą Taylora i wsp.
Wydajność (masowa) preparacji aldolazy jest stosunkiem masy aldolazy w danym przesączu
do teoretycznej masy całkowitej izolowanej aldolazy w próbce. Najczęściej wydajność
preparacji
wyraża się w procentach. Założono, że w przesączu pierwszym masa aldolazy
jest równa masie aldolazy zawartej w mięśniach (czyli 100%), wówczas
wyraża wzór (1).
przesączu
przesączu 1
· 100%
Akt
spec
ald
przesączu 2
· 100%
(1)
calłkowita
ald
Akt
spec
Ćwiczenie 3. Cel
Izolacja aldolazy z mięśni królika.
Ćwiczenie 3. Wykonanie
Rozmrożono, a następnie pokrojono i zmielono rozmrożone mięśnie królika. Zhomogenizowano
w 100 ml wody dejonizowanej w zlewce. Ekstrahowano białka mieszając bagietką przez
10 min w łaźni lodowej.
Przelano mieszaninę do probówek wirowych, zrównoważono, odwirowano (13 000 obr./min,
15 min, 2-4°C). Supernatant przelano do czystej, schłodzonej zlewki przez lejek z watą
szklaną. Pobrano 0,5 ml mieszaniny do oznaczenia aktywności aldolazy w przesączu 1.
Postępowano zgodnie z Ćwiczeniem 1. Zanotowano objętość pozostałej mieszaniny.
Pod wyciągiem miareczkowano mieszaninę 5% roztworem amoniaku do pH 7,5. Zanotowano
objętość dodanego amoniaku. Wysalano białka dodając małymi porcjami 97,5 ml nasyconego
roztworu siarczanu amonu przygotowanego w Ćwiczeniu 2. przez 5 min. Zlewkę trzymano
w łaźni lodowej, zawartość mieszano bagietką przez kolejne 15 min. Sprawdzano
pH mieszaniny.
Przelano mieszaninę do probówek wirowych, zrównoważono, odwirowano (13 000 obr./min,
25 min, 2-4°C). Supernatant przelano do czystej, schłodzonej zlewki. Pobrano 0,5 ml
mieszaniny do oznaczenia aktywności aldolazy w przesączu 2. Postępowano zgodnie
z Ćwiczeniem 1. Zanotowano objętość pozostałej mieszaniny. Wysalano białka dodając
małymi porcjami 7,9 ml nasyconego roztworu siarczanu amonu przygotowanego w Ćwiczeniu 2.
przez 10 min. Zlewkę trzymano w łaźni lodowej, zawartość mieszaną bagietką. Sprawdzano
pH mieszaniny.
Otrzymaną mieszaninę przelano do kolby stożkowej i pozostawiono w temperaturze 5°C
na tydzień do krystalizacji.
Politechnika Wrocławska
Wydział Chemiczny
Strona 2 z 5
Data zajęć: 2008/11/07
Sprawozdanie 3.
Enzymologia (BTC4033l)
laboratorium
mgr inż. Dominika Bystranowska
PT, 16:10-18:45, F-4/C3
Grupa IV
Anna Dawiec
Mateusz Jędrzejewski
Aleksandra Korkuś
Ćwiczenie 3.
Preparacja aldolazy z mięśni królika
według metody Taylora i wsp.
Ćwiczenie 3. Wyniki
Tabela 1. – Objętości roztworów
przesącz 1
ml
NH
SO
NH
SO
przesącz 2
ml
ml
ml
95,0*
97,5**
190,0*
7,9***
gdzie:
* zmierzona objętość
** miareczkowano do pH 7,5 dodając 25 kropli 5% roztworu amoniaku (1 kropla to ok. 100 μl)
NH
·H
O
25 kropli 2,5 ml
NH
SO
przesącz 1
NH
·H
O
*** objętość nasyconego roztworu siarczanu amonu, aby uzyskać 52% stopień wysycenia:
100% ·
NH
SO
50% ·
przesącz 2
52% ·
przesącz 2
NH
SO
przesącz 2
NH
SO
Tabela 2. – Obliczenia dla roztworu aldolazy w kuwetach pomiarowych
przesącz 1
przesącz 2
uwagi
µl
100
-
odczyt
ze spektrofotometru
0,6854
0,3197
białek
mg/ml
białek
,%
·
0,753
0,351
µl
100
-
Akt
ald
Akt
ald
· Akt
ald
U/ml
0,8244
0,4392
odczyt z wykresu 1.
0,275
0,14
odczyt z wykresu 1.
0,65
0,34
Δ
/∆
1/min
Δ
0,125
0,0667
∆ 3 min
białek
mg/ml
białek
białek
0,04183
0,0195
Akt
ald
U/ml
/∆
·
· 10
Akt
ald
0,0458
0,0244
Akt
tot
Akt
tot
Akt
ald
·
0,0824
0,0439
U
białek
Akt
spec
U/mg
Akt
ald
Akt
spec
1,095
1,251
gdzie:
długość drogi optycznej (szerokość kuwety):
1 cm
masowy współczynnik ekstynkcji dla aldolazy mięśniowej (przy 280 nm):
,%
0,91
ml
mg·cm
molowy współczynnik ekstynkcji dla hydranazonu GAP (przy 240 nm):
2730
1
M·cm
objętość:
1,5 ml 200 µl 100 µl 1800 µl 1,8 ml
rozcieńczenie:
µl
µl
18
Politechnika Wrocławska
Wydział Chemiczny
Strona 3 z 5
Data zajęć: 2008/11/07
Sprawozdanie 3.
Enzymologia (BTC4033l)
laboratorium
mgr inż. Dominika Bystranowska
PT, 16:10-18:45, F-4/C3
Grupa IV
Anna Dawiec
Mateusz Jędrzejewski
Aleksandra Korkuś
Ćwiczenie 3.
Preparacja aldolazy z mięśni królika
według metody Taylora i wsp.
Tabela 3. – Obliczenia dla pobranych próbek przesączu
przesącz 1 przesącz 2
uwagi
białek
białek
·
·
białek
·
białek
mg/ml
23,3
10,9
Akt
ald
Akt
ald
·
· Akt
ald
· Akt
ald
U/ml
25,6
13,6
Akt
tot
Akt
tot
Akt
ald
·
przesącz
2,43 ∙ 10
3
2,58 ∙ 10
3
U
białek
·
·
białek
Akt
spec
U/mg
Akt
ald
·
·Akt
ald
Akt
spec
Akt
spec
1,095
1,251
białek
całkowita masa białek
białek
2,21
2,07
g
białek
·
przesącz
%
zgodnie ze wzorem (1)
100
87,5
gdzie:
objętość:
3000 µl 100 µl 3100 µl 3,1 ml
rozcieńczenie:
µl
µl
31
Ćwiczenie 3. Wnioski
Wysalanie białek przeprowadzano przez powolne dodawanie nasyconego roztworu siarczanu
amonu oraz intensywne mieszanie w celu uniknięcia miejscowego przesycenia roztworu.
Stężenie białek w przesączu 2 jest mniejsze niż w przesączu 1.
Kontrolowano ważne parametry podczas preparacji takie jest temperatura i pH. Gdy wysalano
to pH mieszaniny z aldolazą utrzymywało się w przedziale 7-7,5. Nie trzeba dodawać było
amoniaku w celu alkalizacji odczynu roztworu.
Wyznaczając szybkość zmiany absorbancji na wykresie 1. dla przesączu 2. poprowadzono
styczną do wykresu pomijając początkową zmianę absorbancji, która miała charakter
nieliniowy, w celu lepszego oszacowania faktycznej szybkości zmiany absorbancji.
Aktywność specyficzna aldolazy w przesączu 1 wynosi 1,095 U/mg natomiast w przesączu 2
wynosi 1,251 U/mg. Im wyższa aktywność specyficzna tym wyizolowana aldolaza
aktywniejsza („czystsza”). W Ćwiczeniu 1. z dnia 2008/10/17 aktywność specyficzna aldolazy
z mięśni królika wynosiła 7,58 U/mg. Jest to znacząca różnica. Może wynikać ona
z jakości użytego mięsa, ale przede wszystkim z wybranej lepszej metody preparacji.
Aktywność totalna w kolejnych preparacjach powinna maleć, natomiast aktywność specyficzna
powinna rosnąc. Uzyskano wydajność preparacji wynoszącą 87,5% dla przesączu 2.
Politechnika Wrocławska
Wydział Chemiczny
Strona 4 z 5
Data zajęć: 2008/11/07
Sprawozdanie 3.
Enzymologia (BTC4033l)
laboratorium
mgr inż. Dominika Bystranowska
PT, 16:10-18:45, F-4/C3
Grupa IV
Anna Dawiec
Mateusz Jędrzejewski
Aleksandra Korkuś
Ćwiczenie 1.
Zapoznanie się z metodą określania aktywności
aldolazowej wykorzystującej test hydrazynowy.
Zmiany stężeń białek i aktywności aldolazy przy preparacji aldolazy w Ćwiczeniu 3. badano
spektrofotometrycznie tak jak w Ćwiczeniu 1.
Ćwiczenie 1. Wstęp
Aldolazy to enzymy należące do klasy liaz. Występują w różnych izoformach. Izolowane
są z tkanki mięśniowej, wątroby i mózgu. Biorą udział w jeden z reakcji glikolizy oraz
glikoneogenezy. Katalizują reakcję rozszczepienia oraz kondensacji aldolowej (Reakcja 1.).
2-
2-
CH
2
OPO
3
C
C
C
C
CH
2
OPO
3
CH
2
OPO
3
C
C
H
O
H
O
OH
H
O
aldolaza
C
C
CH
2
OPO
3
+
H
O
H
H
OH
H
OH
2-
OH
2-
fruktozo-1,6-disfosforan
fosfodihydroksyaceton
aldehyd
3-fosfoglicerynowy
Reakcja 1. – Reakcja katalizowana przez aldolazę
Stężenia enzymu
można próbować wyznaczyć poprzez pomiar absorbancji
przy 280 nm
oraz stosując prawo Lamberta-Beera (2), gdzie
to współczynnik ekstynkcji, a
to długość
drogi optycznej. Zależność absorbancji od stężenia może mieć charakter liniowy dla małych stężeń.
· ·
(2)
Aktywność enzymu wyznacza się poprzez zmianę stężenia (poprzez zmianę absorbancji)
w czasie – szybkość zmiany stężenia. Jednostkę aktywności
U
definiuje się zgodnie ze wzorem (3).
U
µmol substratu
min
(3)
Test hydrazynowy służy do wyznaczania aktywności aldolazy. Polega na spektrofotometrycznym
oznaczaniu zmiany stężenia hydrazonu aldehydu 3-fosfoglicerynowego (H) przy 240 nm.
W reakcji charakterystycznej H powstaje z aldehydu 3-fosfoglicerynowego i siarczanu hydrazyny
w stosunku 1:1.
Stężenia i aktywności aldolazowe są proporcjonalne do rozcieńczenia (4).
(4)
Ćwiczenie 1. Cel
Wyznaczenie stężenia aldolazy oraz oznaczenie jej aktywności testem hydrazynowym.
Politechnika Wrocławska
Wydział Chemiczny
Strona 5 z 5
Data zajęć: 2008/11/07
Sprawozdanie 3.
Enzymologia (BTC4033l)
laboratorium
mgr inż. Dominika Bystranowska
PT, 16:10-18:45, F-4/C3
Grupa IV
Anna Dawiec
Mateusz Jędrzejewski
Aleksandra Korkuś
Ćwiczenie 1.
Zapoznanie się z metodą określania aktywności
aldolazowej wykorzystującej test hydrazynowy.
Ćwiczenie 1. Wykonanie
W części I wyznaczono stężenie aldolazy. Odmierzono 3 ml buforu (10 mM Tris/HCl, 1 mM
EDTA). Zmieszano z 100 μl roztworu aldolazy (o nieznanym stężeniu). Odnośnik sporządzono
używając samego buforu. Zmierzono absorbancję
względem odnośnika przy 280 nm.
W części II wyznaczono aktywność aldolazy. Odmierzono 1,5 ml 2,6 mM siarczanu hydrazyny
zawartym w roztworze (100 mM Tris/HCl, 1 mM EDTA). Zmieszano z 200 μl 30 mM
fruktozodifosforanu. Odnośnik sporządzono analogicznie. Wyzerowano spektrofotometr
względem odnośnika. Dodano 100 μl roztworu aldolazy z części I, natomiast do odnośnika
dodano taką samą objętość buforu (10 mM Tris/HCl, 1 mM EDTA). Zmierzono absorbancję
względem odnośnika przy 240 nm przez 3 minuty.
Ćwiczenie 1. Wyniki
Wyniki umieszczono w Ćwiczeniu 3. Wyniki.
Ćwiczenie 1. Wnioski
Wnioski umieszczono w Ćwiczeniu 3. Wnioski.
Załączniki
1.
Wykres spektrofotometru: zmiany absorbancji w czasie dla dwóch preparacji (Wykres 1.).
2.
Instrukcja „Ćwiczenie 1.” wraz z bieżącymi obliczeniami.
3.
Instrukcja „Ćwiczenie 3.” wraz z bieżącymi obliczeniami.
[ Pobierz całość w formacie PDF ]